أداة تصميم شاملة للبرايمر لعملية تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)
PerlPrimer هو تطبيق واجهة مستخدم رسومية مجاني ومفتوح المصدر مصمم لتصميم البرايمر في تطبيقات PCR المختلفة. هذه الأداة تلبي احتياجات PCR القياسية، وPCR بالبيسلفيت، وPCR في الوقت الحقيقي (QPCR)، والتسلسل، مما يسهل عملية تصميم البرايمر. تشمل الميزات الرئيسية حساب ثنائيات البرايمر المحتملة، واسترجاع تسلسلات الجينوم أو cDNA من Ensembl، والقدرة على البحث عن البرايمر باستخدام BLAST ضد NCBI أو الخوادم المحلية. يمكن للمستخدمين حفظ النتائج في تنسيق مفصول بعلامات التبويب، متوافق مع معظم تطبيقات جداول البيانات، مما يعزز سهولة الاستخدام.
يستخدم التطبيق خوارزميات متقدمة لاكتشاف ORF وجزر CpG، مما يسمح بإضافة تسلسلات الاستنساخ التي يتم ضبطها تلقائيًا لتكون في الإطار. يقوم PerlPrimer بحساب درجة انصهار البرايمر باستخدام معلمات الديناميكا الحرارية المعتمدة ويتكيف مع ظروف PCR المختلفة من خلال إعدادات يحددها المستخدم. تضمن التوافق عبر الأنظمة الأساسية سهولة الاستخدام عبر Windows وLinux وMac OS X، مما يجعل PerlPrimer أداة متعددة الاستخدامات للباحثين في مجال المعلوماتية الحيوية.
